主要區別如下：1、頭。胖頭魚頭大，相當於體長的三分之一，上頜稍向前突；花鰱魚頭小，相當於體長的四分之一，下頜稍向前突。2、體色。胖頭魚體背面爲暗褐色，有黑色細斑，腹部爲灰白色，各鰭均爲淡灰色，花鰱魚體背面爲灰色，腹部爲銀白色，各鰭均爲灰白色。3、胸鰭。胖頭魚的胸鰭較大，超過腹鰭基部很多；花鰱魚的胸鰭較小，胸鰭尖端僅達腹鰭基部。4、腹棱。胖頭魚的腹棱是從腹鰭至肛門，腹棱較短；花鰱魚的腹棱是從胸部至肛門，腹棱較長。
