1、結局：明日香因終日抑鬱而陷入昏迷的狀態，新出現的少年渚薰取代她作爲二號機的駕駛員。真嗣最初同薰成爲好友，但之後發現他其實是最後的使徒。薰同真嗣對戰，之後意識到如果人類要茁壯成長，他自己就必須死，並要求真嗣殺了他。真嗣在猶豫過後最終殺死了薰。
2、這一行爲引發了人類的強制進化，被稱爲“人類補完計劃”，所有人類的靈魂都將被合併成一個。在最後一集中，真嗣的靈魂在精神上扭轉了他自身存在的理由，並達到一種頓悟，使他能夠摧毀整部片中折磨着他的由消極態度和情感所組成的牆。在結尾，真嗣笑着感謝大家，而其他人也都爲他鼓掌。
