軍機處原並非國家正式機關，清《會典》只稱“辦理軍機處”，無公署，辦公的地方不稱衙署，僅稱“值房”。軍機大臣的值房稱爲“軍機堂”，開始僅有板屋幾間，後來才改建瓦屋，軍機章京的值房，最初有屋一間半，後來纔有屋五間。可見，軍機處建立初始是臨時性質的機構，雍正，乾隆兩朝會典，均未列軍機處。雖如此，自雍正七年設軍機處以來，除乾隆國中斷兩年外，就一直是獨立於議政王大臣會議，內閣之外的一個常設機構。至嘉慶修會典時，始把軍機處列爲正式機關。
