1、宗教層面的區別：瑪尼堆是佛教的產物，敖包則是薩滿教的產物。2、建築形式上的區別：瑪尼堆是長時間形成的，敖包是一次性建成的。3、內容上的區別：瑪尼堆的石頭上多刻有經文，敖包石上很少有經文出現。4、位置上的區別：瑪尼堆的位置隨意性非常大，這與藏族轉山祈福的習俗有關；敖包的位置多是固定的，有路標的作用。
