變更子女撫養權的程序是：1、離婚後，一方要求變更子女撫養關係的，或者子女長到有識別能力時，主動提出與另一方一起生活時，應另行起訴。具有法定事由的，應予支持變更撫養關係。2、父母雙方協議變更子女撫養關係的，應予准許。【法律依據】根據《婚姻法》第三十六條，父母與子女間的關係，不因父母離婚而消除。離婚後，子女無論由父或母直接撫養，仍是父母雙方的子女。離婚後，父母對於子女仍有撫養和教育的權利和義務。
