日本忍者的訓練方法如下：
食指的是忍者的食譜，爲了輕巧出沒於樹枝屋頂，煉出一身卓越輕功，合格的忍者體重一般不超過六十公斤，一日三餐均以黑米、燕麥、豆腐、磨芋爲主。香指忍者能通過衣服上的味道判斷對方的經濟情況與地位，但爲了掩飾自己忍者身份，忍者常用商人、修煉者、和尚等七種變身，在傳承館展出的丁香、檀香、桂皮等香料便是他們用來製造不同的體味，增強變身的真實性時使用的。藥更不簡單，忍者通常也是一名醫生與藥物專家，善於運用山林各種植物和草藥來治傷醫病。長時間潛伏時爲避免蚊蟲叮咬，忍者隨身攜帶着大量驅蟲藥。氣指忍者注重修身養性，以便實戰中可以集中精力，果斷勇猛且處驚不變。體是指忍者注重肌肉與關節的鍛鍊，同時配合靜坐、呼吸、按摩、針炙等恢復方法來鍛鍊自己，以適應各種武技的需要。
