1、佛教，公元前1世紀，佛教經克什米爾首先傳入新疆于闐。不久，又經中亞傳入疏勒。此後佛教沿着絲綢之路南北兩道傳播到且末、若羌、莎車、葉城、庫車、阿克蘇、焉耆、吐魯番、哈密等塔里木盆地周圍各個綠洲。佛教距今已有兩千五百多年，是由古印度迦毗羅衛國王子喬達摩悉達多所創。
2、祆教，在公元前4世紀前後，祆教傳入新疆。瑣羅亞斯德教是在基督教誕生之前在中東最有影響的宗教，是古代波斯帝國的國教，也是中亞等地的宗教。是摩尼教之源，在中國稱爲祆教。中國史稱祆教、火祆教、拜火教。
3、摩尼教，摩尼教約於六至七世紀傳入我國新疆地區，復由新疆傳入漠北之回紇，而盛行於該地。又作牟尼教，發源於古代波斯薩珊王朝，爲公元3世紀中葉波斯人摩尼所創立，受基督教與伊朗祆教馬茲達教義所影響，是一種帶有諾斯底主義色彩的二元論宗教。
