減少基因突變對編碼序列的損害，突變有較大可能會發生在漫長的內含子上；是新基因產生的溫牀，內含子序列的改變可能影響剪切方式；有些內含子中包含轉錄調控序列，可以結合轉錄調控因子，控制轉錄速率，一些增強子、沉默子甚至核心啓動子就是定位在內含子中的。
