魅藍手機的系統是“Flyme”系統。Flyme是魅族基於Android操作系統爲智能手機量身打造的操作系統，旨在爲用戶提供優秀的交互體驗和貼心的在線服務。Flyme系統是魅族設計理念在軟件更深層上的體現，也是魅族手機的核心競爭力之一，被魅族稱爲“產品的靈魂所在”。全新的Flyme5、0,基於安卓5、1深度定製，是一個更精緻，更友好，更強大，更可靠的系統。2016年11月30日，魅族在北京發佈Flyme6系統。
