一般辦理註銷新農合，需要本人親自辦理，並攜帶本人的身份證原件，和本人的醫保卡（社保卡），前往行政辦公大廳，找到醫保局的新農合服務窗口，進行辦理。
具體的辦理材料和流程，也要根據當地的具體規定進行辦理。可向所在村及鄉鎮政府的“合作醫療管理辦公室”諮詢後，再前往相關窗口辦理。
新農合的基金收繳、參合、停保、註銷，等具體工作，是由國家衛生計生委統一部署，各地進行具體安排的。通常由所在村負責收繳費用，由鄉鎮合管辦進行辦理，最後彙集到醫保局進行電腦的實繳操作。
法律依據：
《中共中央、國務院關於進一步加強農村衛生工作的決定》規定，農村合作醫療制度應與當地經濟社會發展水平、農民經濟承受能力和醫療費用需要相適應，堅持自願原則，反對強迫命令，實行農民個人繳費、集體扶持和政府資助相結合的籌資機制。農民爲參加合作醫療、抵禦疾病風險而履行繳費義務不能視爲增加農民負擔。有條件的地方要爲參加合作醫療的農民每年進行一次常規性體檢。
