彩妝蛋每隔3天左右清洗一次，也可以根據自己的彩妝蛋使用方式來進行調整，彩妝蛋可以多備用幾個，清洗之時也可以有替換的彩妝蛋。清洗彩妝蛋可以防止細菌滋生，一旦彩妝蛋滋生細菌就會影響面部肌膚，所以需要注重清洗工作，從而延長彩妝蛋的使用壽命，保護臉部肌膚。彩妝蛋的清洗要注意不能太過頻繁，不能擰洗，不可大力揉搓，否則彩妝蛋會出現破損等現象。
清洗彩妝蛋時，在容器中倒入適量的溫熱肥皂水，將彩妝蛋放在水中浸泡20分鐘左右，然後取出輕輕揉搓清洗，再在彩妝蛋上塗抹洗面乳，揉搓清洗後用吸水紙吸取多餘水分，然後將彩妝蛋放在陰涼乾燥處放置即可。
不常用的彩妝蛋要每次使用後要進行清洗，曬乾後裝入乾淨的網眼袋裏，可以方便下次使用，也可以保證美妝蛋的清潔。髒了的彩妝蛋如果不清洗的話很容易滋生細菌，而細菌上臉後會出現致痘的現象。
