將USB顯微鏡數據線插入USB接口，並運行隨機附帶的驅動光盤裏的安裝程序，這樣系統一般都會自動認出設備。如果系統出現“未經認證的驅動程序”之類的提示，只需要點擊“繼續安裝”就可以了。
USB顯微鏡的成像質量與焦距的調節是密切相關的，而不同的物體、不同的觀測距離都需要用不同的焦距相配搭才能顯示最清晰的成像效果。當電腦裏看到的物體的清晰度較差時，就證明焦距並沒有調節好。需要在對準物體的前提下，儘量使鏡頭靠近物體，然後向左或向右手動調整顯微鏡機身上的焦距調節旋鈕，當出現最清晰的成像效果時，就要及時停止調整，否則繼續調整下去的話，成像效果又會變得模糊了。對立體感較爲明顯的觀測物體來說（如主板上的一大堆電解電容），焦點只能落在某個具體的電容上，而其餘的電容都會變得模糊起來，這是正常的現象。
