北京交通大學研究生專業較好的有：交通信息工程與控制、鐵路與鐵道工程、通信與信息系統、光學工程、橋樑與隧道工程、通信工程、計算機應用技術、固體力學、土木工程、產業經濟學、計算機科學與技術、交通工程、電力電子與電力傳動、物流管理、交通運輸、管理科學與工程、系統分析與集成、交通運輸規劃與管理、信號與信息處理、土木工程、企業管理、機械工程及自動化。
