元謀屬於南亞熱帶乾熱季風氣候，年平均氣溫21、9度，極端最高溫度42度，最低溫度零下0.1度。年日照時數爲2670.4小時，年平均日照時數爲7、3小時每天，日照百分率爲百分之60。多東南風，年平均風速2、5米每秒。年平均降雨量613、8毫米。雨季開始一般在5月29日，結束一般在10月11日。由於分山區、半山區、壩區，形成立體氣候。
