有鹼基互補配對的話就存在氫鍵。比如mRNA是一條鏈，不存在氫鍵，而tRNA是三葉草樣子，有的地方有自身的鹼基互補配對，這個時候就有氫鍵。氫鍵通常是物質在液態時形成的，但形成後有時也能繼續存在於某些晶態甚至氣態物質之中。例如在氣態、液態和固態的HF中都有氫鍵存在。能夠形成氫鍵的物質是很多的，如水、水合物、氨合物、無機酸和某些有機化合物。氫鍵的存在，影響到物質的某些性質。
