不能辦理土地確權的情形：（一）借戶籍管理制度改革或擅自通過”村改居“等方式，非法將農民集體的所有地轉爲國有土地；（二）農村集體經濟組織非法出租集體土地用於非農業建設；（三）城鎮居民在農村購置宅基地、農民住宅或者是”小產權房。《土地管理法》第八條規定，城市市區的土地屬於國家所有。農村和城市郊區的土地，除由法律規定屬於國家所有的以外，屬於農民集體所有；宅基地和自留地、自留山，屬於農民集體所有。
