根據違章行爲性質而定；如果應當扣分，不會因車輛性質是摩托車而不扣。
摩托車和小型客車一樣都是機動車，無論是騎摩托車違法還是開小車違法，都是扣駕駛人的分。
一個駕駛人只能有一本駕駛證，記分總分只有12分。
【法律依據】
《道路交通安全法實施條例》第二十三條規定，公安機關交通管理部門對機動車駕駛人的道路交通安全違法行爲除給予行政處罰外，實行道路交通安全違法行爲累積記分(以下簡稱記分)制度，記分週期爲12個月。對在一個記分週期內記分達到12分的，由公安機關交通管理部門扣留其機動車駕駛證，該機動車駕駛人應當按照規定參加道路交通安全法律、法規的學習並接受考試。考試合格的，記分予以清除，發還機動車駕駛證；考試不合格的，繼續參加學習和考試。應當給予記分的道路交通安全違法行爲及其分值，由國務院公安部門根據道路交通安全違法行爲的危害程度規定。公安機關交通管理部門應當提供記分查詢方式供機動車駕駛人查詢。
