國家衛生計生委與中國疾病預防控制中心是上下級關係。疾控中心是國家衛計委的直屬下級機構。國家衛生計生委的全稱是中華人民共和國國家衛生健康委員會。
包含有以下機構：
1、辦公廳
負責機關日常運轉，承擔安全、保密、政務公開等工作。
2、人事司
擬訂衛生健康人才發展政策，承擔機關和直屬單位的人事管理、機構編制和隊伍建設等工作，負責衛生健康專業技術人員資格管理。
3、規劃發展與信息化司
承擔健康中國戰略協調推進工作，組織擬訂衛生健康事業發展中長期規劃，指導衛生健康服務體系及信息化建設，組織開展愛國衛生運動和衛生健康統計工作。
承擔《菸草控制框架公約》牽頭履約工作。
4、財務司
承擔機關和預算管理單位預決算、財務、資產管理和內部審計工作。
