全國衛生城市三年複審一次，申報城市經認真自查，認爲各項指標均已達到《國家衛生城市標準》的要求，由該市愛衛會向省、自治區愛衛會提出書面申請，省、自治區愛衛會本着實事求是的原則，在調研的基礎上，對其進行嚴格考覈認可後，向全國愛衛會推薦。
全國愛衛會接到省、自治區、直轄市愛衛會的推薦或申請報告後，由全國愛衛會辦公室組織有關專家對申報材料進行審覈，並根據審覈結果適時組織調研和暗訪。調研和暗訪的目的是掌握情況，複覈申報材料，並幫助申報城市做好改進、提高工作。因此，調研和暗訪次數可能是一次或是若干次。
全國愛衛辦對於切實具備考覈條件的申報城市，將在調研和暗訪的三個月後進行考覈鑑定。考覈鑑定包括資料考覈（聽取全市創建工作彙報，查閱各種有關文件、技術資料等）和現場考覈。現場考覈在所有城區範圍內進行，採取明查與暗訪相結合的方式，隨機抽查，所查場所、單位、居民區的數量應足以反映整體情況。
