電子顯微鏡可以看到分子。電子顯微鏡的分辨率爲0.2納米。
電子顯微鏡缺點：
1、在電子顯微鏡中樣本必須在真空中觀察，因此無法觀察活樣本；
2、在處理樣本時可能會產生樣本本來沒有的結構，這加劇了此後分析圖像的難度；
3、由於電子散射能力極強，容易發生二次衍射等；
4、由於爲三維物體的二維平面投影像，有時不唯一；
5、由於透射電子顯微鏡只能觀察非常薄的樣本，而有可能物質表面的結構與物質內部的結構不同；
6、超薄樣品，制樣過程複雜、困難，制樣有損傷；
7、電子束可能通過碰撞和加熱破壞樣本；
8、此外電子顯微鏡購買和維護的價格都比較高。
