南京大學材料科學與工程系起源於物理與化學學科的交叉。1990年，在南京大學固體微結構物理國家重點實驗室和配位化學國家重點實驗室的基礎上，組建了材料科學研究所。由閔乃本教授（物理）和楊昌正教授（化學）出任正副所長。1993年成立南京大學材料科學與工程系，閔乃本院士任首屆系主任，劉治國教授（物理）和孫祥禎（化學）教授任副系主任。
學科創立初期，由於關注到迅速發展的信息產業（主要是微電子和光電子產業）迫切需要高技術信息功能材料與器件，結合我校在物理和化學兩大基礎學科的優勢以及在功能材料方面研究的長期積累，明確地將材料科學與工程系的發展方向定位於功能材料，特別是信息功能材料。確定了"以材料的結構性能、精細人工合成化學與現代光電子技術相互滲透，材料的合成製備，結構性能，器件應用三位一體，發展光電功能材料及器件的學術方向”。
