宇智波鼬受到了團藏的任務，滅掉宇智波一族換取木葉村的和平安穩，讓自己揹負污名，鼬再三考慮才下定了決心，但是他沒有對佐助動手。
當時止水自殺導致宇智波一族元氣大傷，士氣低落，但是族人仍然決定叛變。鼬對木葉高層彙報了這一情況，在場的高層中只有三代目火影堅持想以談判的方式解決宇智波政變，但因爲事情已經來不及改變最後只說請鼬幫他爭取一點時間，事實上除了殲滅宇智波一族之外已再無其他辦法。
志村團藏之後找到了宇智波鼬，以鼬的弟弟宇智波佐助的性命作爲交換讓宇智波鼬誅滅全族並對佐助保密，自己以叛忍的身份蒐集對木葉不利的組織情報。爲了保護村子防止其他國家乘虛而入，也是爲了止水的意志和弟弟的性命。鼬在痛苦與煎熬中被迫接受了滅族任務。
政變當晚宇智波鼬和宇智波帶土聯手誅滅全族，宇智波鼬含淚與父母道別，他們將佐助託付給了鼬，並給弟弟設定了一個向自己復仇這一目標之後逃離木葉。
