底濾魚缸過濾的不乾淨是由於沒有清洗過濾布與殺菌消毒。清理辦法如下：1、清洗濾布時只清洗最上層的濾渣棉，不使用洗滌劑，使用清水清洗；2、清洗濾布時使用換出的水或曬過的水洗，如果使用的自來水中的消毒劑不重也可使用自來水；3、中下層的生化濾材除了一些特殊情況之外不用清洗。不洗的原因是爲了保護生化濾材中硝化細菌。
