1、首要問題：上游河牀由於泥沙淤積而不斷擡升，導致實際蓄水容量不斷縮水，最終會容量枯竭；
2、移民安穩致富及促進庫區經濟社會發展，規劃統籌考慮庫區經濟結構調整、社會發展轉型和生態環境保護，提出“兩調、一保、三完善”的綜合措施；
3、庫區生態環境建設與保護，規劃以保護國家戰略性淡水資源庫爲目標，將水庫水域、消落區、生態屏障區和庫區重要支流作爲整體，建設生態環境保護體系，實施“控污、提載、抓重點”的綜合措施；
4、庫區地質災害的預防和治理，規劃着眼於完善地質災害防治的長效機制建設，提出“預防爲主、監測爲要、避險搬遷爲先、工程治理突出重點”的綜合措施；
5、三峽工程綜合效益的拓展，以洪水資源化，水庫優化調度，供水效益拓展爲主攻方向，拓展防洪、發電、航運效益及生態、水資源配置等效益，拓展其在國家水安全和電網運行安全等更大範圍的戰略保障能力。
