結局是幕後大BOSS原來就是狄仁傑的好朋友沙陀忠，他想要用鐵漿灌注大佛，在武則天登基大典那天讓大佛倒塌砸向大殿。經過一系列爭鬥之後，狄仁傑擊敗了沙陀忠，並且破壞了大佛倒塌計劃，拯救了武則天，認可了武則天統治天下的事實，並懇請她百年之後還政於太子。而狄仁傑因中了赤焰金龜的毒液，只能生活在地下和鬼醫在一起。
結局中狄仁傑告訴了靜兒她是天后的棋子。上官靜兒聽了之後非常傷心，打算除掉狄仁傑，在即將殺死天后之際，她也想起了天后的一句話，“欲成大事，至親可殺”，放過了狄仁傑。只是當她準備把狄仁傑帶走的時候中了敵人的埋伏，受了重傷，天告訴狄仁傑她和天后爲了帝位確實殺了不少人，只是這焚屍案卻不是他們所爲，她讓狄仁傑一定要幫天后查明真相，回到宮裏的靜兒最後死在了武則天的懷裏。
狄仁傑不辱使命，查出了屍體自焚案的全部真相，沙陀纔是元兇首惡。他首先在工部侍郎賈頤的喝的水裏摻入了赤焰金龜的毒液（黃磷），因爲賈頤發現通心柱被做了手腳；而大理寺卿薛勇被殺只是個幌子；大理寺少卿裴東來被殺是因爲他找到了賈頤的施工檢驗圖，兇手要殺人滅口。最後，狄仁傑被染上金龜的毒，他只得進入鬼市，躲避陽光。
