熒光染色法一般指熒光素染色法。角膜、結膜上皮損傷或有潰瘍時，可被熒光素染色，方法是點無菌的1%熒光素液於結膜囊內，然後用生理鹽水沖洗，亦可用玻璃棒蘸少量藥液於結膜囊內，進行觀察。此時可見角膜、結膜破損處有嫩綠色着色，上皮完整處不染色。如有角膜瘻，點熒光素後作輕壓眼球，可見角膜表面佈滿黃綠色熒光素，而在瘻管處則有液體流出，狀如清泉外流。操作時注意勿污染被檢者面部及衣服。由於熒光素易被細菌污染，近來主張改用消毒熒光素濾紙，使用時將其一端用生理鹽水浸溼後，與結膜相接觸，淚液呈黃綠色，角膜損傷處染色。
