調節腸道菌羣最直接的方法就是補充有益菌。在日常飲食中多食用一些含乳酸菌的酸奶、奶酪等。如果口腔潰瘍、腹瀉、便祕等病症嚴重，單靠食用酸奶和奶酪不能改善。
腸道菌羣是人體腸道的正常微生物，如雙歧桿菌，乳酸桿菌等能合成多種人體生長髮育必須的維生素，如B族維生素（維生素B1、B2、B6、B12），維生素K，煙酸、泛酸等，還能利用蛋白質殘渣合成必需氨基酸，如天冬門氨酸、苯丙氨酸、纈氨酸和蘇氨酸等，並參與糖類和蛋白質的代謝，同時還能促進鐵、鎂、鋅等礦物元素的吸收。這些營養物質對人類的健康有着重要作用，一旦缺少會引起多種疾病。
