《琅琊榜2》主要講述長林王府遭人陷害，父兄相繼去世，二公子蕭平旌逐漸學會成長的故事。該劇的背景設定在《琅琊榜》的幾十年後，蕭景琰的兒子繼承王位，蕭庭生被封爲長林王，先後有了兩個兒子，蕭平章和蕭平旌。
作爲長林王府的世子，蕭平章肩負起保家衛國的大業，他在戰場上出生入死，立下赫赫戰功，最後卻因遭人陷害戰死沙場，蕭平章死後，蕭平旌接替哥哥駐守邊疆，從原本無憂無慮的王府二公子成爲上陣殺敵的英雄。
好景不長，荀皇后的哥哥荀白水暗中扶植蕭元啓對抗長林王府，使長林王府因陷害被封府，蕭庭生去世，長林軍編制被撤，這一系列的事情使蕭平旌面臨前所未有的打擊，還落得個抗旨的罪名，在衆人的幫助下，蕭平旌爲長林王府洗脫罪名後便過起隱居的生活。
蕭元啓逼宮時，蕭平旌再度出山，起兵勤王，最後成功挫敗了蕭元啓的陰謀，使百姓重新過上安居樂業的生活，將大梁邊境整頓完畢後，蕭平旌不顧皇帝的再三挽留，毅然決然的拋下功名利祿，和愛人一起歸隱，遠離俗世紛爭。
