柯南知道波本是黑衣組織的時候是在第753話“漆黑列車”篇章，這一篇章結束後，波本就在網球事件中出現了，那時候柯南還認爲波本是反派，也不敢用麻醉針射毛利小五郎。柯南直到懷疑波本身份的時候是在第824話中，當時一個小孩在等電梯，他倒計時說到“零”的時候，波本這邊下意識的回了頭，柯南對此產生了疑心。
柯南真正揭開波本祕密是在“緋色篇章”中，在這一系列裏面，柯南通過“零”推理出了波本是公安的人，也就是說安室透就是公安派去組織的臥底，但至於爲什麼他和赤井秀一關係不和，柯南也不是很清楚了。
在這裏有很多疑問，那就是爲什麼安室透已經知道了衝矢昴的身份，還不向組織的BOSS報信呢？只有一個原因，那就是安室透想親手解決掉赤井秀一，畢竟這屬於自己的仇恨，不想讓組織的人來插手，而且就算是把秀一交了出去，說不定自己的身份也會被懷疑。
