排污許可證管理程序是指：在一定管轄範圍內，環境主管部門與排污單位依照單位排污許可證制度規定實施的一系列管理活動過程或階段。它一般包括：1、排污許可證申請解釋；2、排污許可證申請受理審查；3、排污許可證發放；4、排污許可證監督管理和排污證的中止、處罰等程序的管理。
