鴨疫苗接種可以採用注射及混飲的方法，常用肌內注射及皮下注射法，適用於各種滅活苗及弱毒苗的免疫接種。肌內注射時可選胸肌、腿肌，皮下注射可選胸部、頸背側部。飲水免疫前對水槽、飲水器徹底清洗，不應使用任何消毒劑或清潔劑沖洗飲水器，以免降低疫苗效價。一般情況下宜用深井水，不用自來水，因自來水常加有漂白粉，含有使疫苗失效的物質氯離子。
