基本農田和基本農田保護區有密切聯繫：基本農田和基本農田保護區同樣都是主要由耕地構成，都要實行嚴格保護，基本農田一般都位於基本農田保護區內，基本農田保護區的土地絕大部分都屬於基本農田。同時，二者又有區別：基本農田是地塊概念，必須落實到具體地塊，一般由鄉鎮土地利用總體規劃具體落實，劃定到地塊;基本農田保護區則是區域概念，基本農田保護區內以基本農田爲主，但並非都是基本農田，除了基本農田外，還可能有少量零星的一般耕地、其他農用地、建設用地、未利用地等，基本農田保護區一般由縣市級土地利用總體規劃確定。
【法律依據】
《國土資源部辦公廳關於印發市縣鄉級土地利用總體規劃編制指導意見的通知》
縣級土地利用總體規劃，應結合土地用途區確定，劃定基本農田保護區;鄉級土地利用總體規劃，應將縣級規劃劃定的基本農田保護區進一步落實到地塊。
