淨水機的種類有多種，不同種類的缺點也不一樣：
1、超濾膜淨水機——缺點：不能去除水中的鈣鎂離子。
2、純水機——缺點：淨化後的水過於純，缺少對人體有益的微量元素。
3、軟水機——缺點：不能祛除細菌、病毒、有機物，不建議直接生喝；再生時需要耗鹽；併產生一定量的廢水。
4、磁化水機——缺點：有腸胃疾病的人慎用，因爲磁化水對腸胃有一定的刺激。
5、中央淨水器——缺點：淨化精度不是特別高，如果用來處理飲用水，效果不是特別好。
6、離子水機——缺點：成本高，同時水的酸鹼值也取決於電解板，需要用電。並且建議在醫生的指導下使用，盲目使用對有些人的體質不適宜可能有副作用。
