納稅人自行開具增值稅發票時，通過新系統中差額徵稅開票功能，錄入含稅銷售額(全部價款和價外費用)和扣除額，系統自動計算稅額和不含稅金額，備註欄自動打印“差額徵稅”字樣，發票開具不應與其他應稅行爲混開。
在《增值稅納稅申報表附列資料（一）》中，按增值稅發票（含增值稅專用發票、增值稅普通發票，下同）開具金額、稅額填入第5行第1和第2列、第3和第4列的“銷售額”、“銷項(應納)稅額”；將代爲支付的費用填入第5行第12列“服務、不動產和無形資產扣除項目本期實際扣除金額”。
在《增值稅納稅申報表附列資料（三）》中，按增值稅發票價稅合計填入第3行“6%稅率的項目（不含金融商品轉讓）”第1列“本期服務、不動產和無形資產價稅合計額（免稅銷售額）”；將代支付的費用填入第3行第3列“本期發生額”欄次。
