土壤中的動物和微生物分解有機物，爲植物提供營養物質，還可以疏鬆土壤。土壤得到改善之後，有利於其中的生物生長。所以土壤中的生物與土壤之間是相互依存的關係。.
土壤提供了微生物生命活動和繁殖所必需的各種環境條件，是微生物生活最穩定的生境。但土壤中有機物數量，植物根系、溼度和通氣、pH值、溫度、農藥使用情況等因素又對土壤微生物有很大的影響，造成微生物在土壤中的分佈的不均勻性。
自然土壤因成土因素不同，性狀各異，土壤的物理、化學性狀及氣候因子的差別，不但不同區域和不同層次的微生物數量和區系組成存在差異，而且一年的不同季節裏微生物數量也有變化。
