歷史上的南京故宮有三次大的破壞導致毀滅，一是清初爲了平定江南地區，滿清軍隊佔領南京城，爲了將其改爲駐防城，大規模的拆建、破壞；二是晚清太平天國定都南京後，爲建天王宮殿，再一次東拆西建，幾年後湘軍攻陷南京，戰火吞噬了剩下的皇城；三是1927年蔣介石定都南京後，爲了城市建設，拆除了僅剩明皇宮的石料、磚瓦，用於鋪路和南京城內的修建，甚至在明故宮基址上修建了軍用機場，南京城內明皇宮的建築越來越少。
