歷史上的南京故宮有三次大的破壞導致毀滅,一是清初爲了平定江南地區,滿清軍隊佔領南京城,爲了將其改爲駐防城,大規模的拆建、破壞;二是晚清太平天國定都南京後,爲建天王宮殿,再一次東拆西建,幾年後湘軍攻陷南京,戰火吞噬了剩下的皇城;三是1927年蔣介石定都南京後,爲了城市建設,拆除了僅剩明皇宮的石料、磚瓦,用於鋪路和南京城內的修建,甚至在明故宮基址上修建了軍用機場,南京城內明皇宮的建築越來越少。