三方協議和靈活就業區別：籤就業協議書用於單位能夠保管檔案等，畢業時由單位接收檔案、戶口等材料，並進行管理；而靈活就業方式就業，戶口和檔案轉回原籍。三方協議在畢業生到單位報到（憑《全國普通高等學校本專科畢業生就業報到證》或《全國畢業生研究生報到證》）、用人單位正式接收後自行終止。
