一、葉片區別
垂穗石松葉片爲螺旋狀排列，呈鑽形後至線形，先端漸尖，邊緣全緣無鋸齒，紙質。
石松葉片爲針形，長約3-4毫米，先端有較容易脫落的芒狀長尾，顏色爲深綠色。
二、孢子囊區別
垂穗石松的孢子囊穗單上於小枝的頂端，呈短圓柱形，通常成熟時會下垂，長約3-10毫米，直徑約2-2.5毫米，顏色爲淡黃色，孢子葉爲卵狀菱形，呈覆瓦狀排列，先端爲急尖，尾狀，邊緣有不規則的鋸齒，孢子囊生於孢子的葉腋處，呈圓腎形，顏色爲黃色。
石松的孢子囊穗通常有2-6個生長於孢子枝上部，長約2.5-2釐米，孢子葉爲卵狀三角形，先端急尖且有尖尾，邊緣有鋸齒。孢子囊爲腎形，顏色爲淡黃色。
