因爲秦日綱依附韋昌輝，想謀朝篡位。
1856年七月，日綱正在金壇督師進擊清軍，楊秀清謀稱萬歲事起，奉天王密詔回京誅楊秀清，楊秀清執政，對日綱時加威迫，日綱自以與楊秀清同在金田首義，積不能平，又因牧馬的事件，受了楊秀清無理杖責，銜恨愈深，至是接到天王密命，與韋昌輝乘夜帶兵入城殺楊秀清，他在殺楊秀清後，附從韋昌輝，妄肆殺戮，石達開出走，他奉韋昌輝命帶兵追至西梁山，此時他得到情報，知京外太平軍都起來聲討逆賊韋昌輝，石達開也集合了一枝強大的軍隊，才轉移目標去攻擊清軍，希圖討好革命羣衆，天王既誅韋昌輝，亦逮其回，十月二十二日，在天京處死，爵除。
