稽查工作分選案、檢查、審理、執行四個環節進行。
1、選案，國稅機關根據公民舉報，情報交換或通過微機網絡分析篩選有嫌疑的，徵管分局移交的嫌疑對象進行計算機或人工排列後列出稽查重點戶；
2、檢查，稅務稽查的檢查工作，是根據選案所確定的稽查對象，組織稽查人員寮施檢查，採取必要的方法、措施和手段，收集案件的證人、證言，原始書證材料，整理製作《稅務稽查報告》直接將案件移送審理的活動過程；
3、審理，稅務稽查審理，是稅務稽查機構立案查處的各類稅務違法案件在檢查完畢基礎上，由專門覈准事實、審查鑑別證據、分析認定案件性質，製作《審理報告》和《稅務處理決定》或《稅務稽查結論》的活動過程；
4、執行，執行人員將《稅務處理決定書》送達被查對象，監督其執行。被查對像拒不履行納稅義務的，執行人員可填制《稅收保全措施審批表》，報經縣以上局長批准後，依法對被查對象採取稅收強制措施，必要時移送公安機關處理。
