皇太極在五十歲時，因他心愛的宸妃之死，身體立刻變得虛弱了。皇太極一生娶了十五位妻子，而他最喜歡的是天聰八年娶的博爾濟吉特氏，崇德元年封她爲關雎宮宸妃。這位妻子賢淑文靜，皇太極和她頗恩愛，婚後曾生一子，皇太極高興至極，爲此發佈了大清第一道大赦令。
崇德六年九月，皇太極正在鬆錦前線，忽聽宸妃病危，急忙趕回盛京，到時宸妃已死。皇太極悲不自勝。從此這位身體一直健壯的大清帝忽而昏迷，忽而減食，常常“聖躬違和”。當年十月八年級日，他對諸王及他們的妻子兒女說：“山峻則崩，木高則折，年富則衰，此乃天特貽朕以憂也。”這流露出皇太極已爲他年老體衰而不安了。
崇德六年以後，皇太極因身體不好，曾發佈過大赦令，也減少了處理日常事務的負擔，甚至做過祈禱。
崇德八年八月九日，勞累一生的皇太極終於因病在瀋陽清寧宮與世長辭，享年五十二歲。後葬於昭陵，即今瀋陽北陵。廟號太宗，諡爲文皇帝。
