如果案件經過兩次退回補充偵查，仍然證據不足，不符合起訴條件的，人民檢察院應當作出不起訴決定。並且要立即釋放被拘留的犯罪嫌疑人。【法律依據】根據《刑事訴訟法》第一百七十五條第二款規定，對於補充偵查的案件，應當在一個月以內補充偵查完畢。補充偵查以二次爲限。補充偵查完畢移送人民檢察院後，人民檢察院重新計算審查起訴期限。對於二次補充偵查的案件，人民檢察院仍然認爲證據不足，不符合起訴條件的，應當作出不起訴的決定。
