補充偵查在程序上有兩種情況：審查起訴階段的補充偵查：該階段補充偵查的方式有兩種。即人民檢察院審查起訴的案件;對於退回公安機關補充偵查的案件;補充偵查的次數不得超過兩次;經過補充偵查的案件，法庭審理階段的補充偵查。
【法律依據】
《刑事訴訟法》第一百七十一條人民檢察院審查案件，可以要求公安機關提供法庭審判所必需的證據材料;認爲可能存在本法第五十四條規定的以非法方法收集證據情形的，可以要求其對證據收集的合法性作出說明。
人民檢察院審查案件，對於需要補充偵查的，可以退回公安機關補充偵查，也可以自行偵查。
對於補充偵查的案件，應當在一個月以內補充偵查完畢。補充偵查以二次爲限。補充偵查完畢移送人民檢察院後，人民檢察院重新計算審查起訴期限。
對於二次補充偵查的案件，人民檢察院仍然認爲證據不足，不符合起訴條件的，應當作出不起訴的決定。
