兩者各有千秋：
1、皖南醫學院建於1958年，位於安徽省蕪湖市，前身是蕪湖醫學專科學校，1971年併入安徽醫學院爲其皖南分院。1974年國務院批准獨立建院。是安徽省屬普通高等學校。根據2014年8月學校官網顯示，該校佔地面積700餘畝，各類建築面積35萬平方米。設有16個教學單位，開辦19個本科專業和2個專科專業，有各類在校生2、4萬餘人；
2、蚌埠醫學院位於安徽蚌埠，是安徽省省屬普通高等醫學本科院校和國家首批具有學士和碩士學位授予權的單位、國家級大學生創新創業實踐基地和校外實踐基地、安徽省高等教育自學考試護理學專業主考單位。學院創建於1958年7月，由原上海第二醫學院分遷和安徽醫學院援建而成。1968年8月經安徽省革委會批准改稱蚌埠反修醫學院。1970年11月蚌埠反修醫學院更名爲安徽醫學院蚌埠分院。1974年6月，國務院科教組發文通知恢復蚌埠醫學院。
