墨玉縣有1個鎮和15個鄉。墨玉縣位於新疆維吾爾自治區西南部，東以喀拉喀什河爲界與和田縣、洛浦縣相望，西臨戈壁與皮山縣接壤，南抵喀喇崑崙山北麓，北入塔克拉瑪干大沙漠與阿瓦提縣相鄰。墨玉縣地勢南高北低，海拔在1120-3600餘米之間，南部爲山腰起伏山區，中部爲洪水沖積扇平原，墨玉縣的氣候屬暖溫帶乾燥荒漠氣候，四季分明，夏季炎熱，乾燥少雨，春季升溫快，秋季降溫快，降水量稀少，光照充足，無霜期長，晝夜溫差大。
