根據相關規定，外貿企業丟失增值稅專用發票抵扣聯，辦理出口退稅可遵循以下操作方法：（1）外貿企業丟失已開具增值稅專用發票發票聯和抵扣聯的，在增值稅專用發票認證相符後，可憑增值稅專用發票記賬聯複印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審覈同意後，向主管出口退稅的稅務機關申報出口退稅。（2）外貿企業丟失已開具增值稅專用發票抵扣聯的，在增值稅專用發票認證相符後，可憑增值稅專用發票發票聯複印件向主管出口退稅的稅務機關申報出口退稅。
