秦瓊是吐血而亡。因爲年輕時上陣殺敵時實在太過拼命，導致元氣大傷，身上時常受傷，而這些傷口，在秦瓊年老時漸漸地露出了弊處。而還有另外一種說法是說，晚年的秦瓊賭氣與尉遲恭賭氣爭帥印而不顧自己體弱舉金獅，結果加劇了身體的衰弱。不過這種說法並不是特別的可信，但是不管中間如何的衆說紛紜，最終的結果仍舊是秦瓊最後久病纏身，病死牀前。在唐朝統一後，秦瓊疾病纏身，身體日漸衰弱，最終病死牀前。一個戎馬半生的將領，最終於貞觀十二年因病而死，不得不叫人唏噓。秦瓊死後，李世民悲傷無比，隨後又追封爲徐州都督、胡國公。將其畫像置於唐朝專門懸掛唐朝有功之臣的凌煙閣內。
