阿虛被帶到長門製造的閉鎖空間，在這個空間裏沒有統合資訊體，沒有外星人，未來人及超能力者，SOS團的五個人都是正常人，而且春日和古泉並不在北高而是就讀於另一所名校，但個性並沒有改變，只有長門變成一個會害羞的小姑娘，阿虛依次找到朝比奈，長門，涼宮和古泉，阿虛憑着涼宮對三年前七夕那天晚上與她一起在國中操場上畫符號的約翰史密斯的記憶，向涼宮詳細講述了整個事情的經過，涼宮覺得很有意思，便把五個人重新召集到文藝社的教室，這正好是啓動阿虛回程的鑰匙，長門唯獨留給阿虛所有的記憶，是爲了讓他自己決定留在這個一切正常的世界還是回到原來的世界，阿虛選擇了後者，於是在大朝比奈和現實中的長門的幫助下阿虛回到了現實，醒來他發現自己躺在醫院裏，身邊的古泉告訴他三天前他從樓梯上摔下來就一直昏迷不醒，涼宮一直在醫院守着他，長門向阿虛道歉，但阿虛並不怪她，最後大家一起過聖誕，很幸福圓滿的結局。
