漠河縣位於黑龍江省西北部祖國的最北端，居中蘇界河黑龍江之濱，是全國緯度最高的縣份。區域版圖位於區九大山系之一的大興安嶺山脈的北坡，黑龍江上游南岸。地理座標爲東經121度07分至124度20分，北緯52度10分至53度33分。漠河縣東與塔河縣接壤，西和內蒙古自治區呼倫貝爾盟的額爾古納右旗爲鄰，南以內蒙古自治區呼倫貝爾盟的額爾古納左旗和大興安嶺地區所屬的呼中區一部分交界，北隔黑龍江與蘇聯的赤塔、阿穆爾兩洲相望。
