棋魂的主要人物有進藤光，藤原佐爲，塔矢亮。
進藤光：主角，在爺爺家的倉庫裏，發現了一個古老的圍棋棋盤，當小光拿起棋盤時，出現了一平安時代的天才棋士佐爲。進藤光遇到佐爲後，開始下圍棋，並認識了塔矢亮，受他對圍棋的真摯態度所影響，立志誓要超越他，以當專業棋士爲目標。
藤原佐爲：平安時代，佐爲曾擔任天皇的圍棋導師，遭奸人作弊所陷害，含冤投水自盡，遺恨極深，靈魂無法成佛，並寄宿在棋盤之中。到了江戶時代，降臨至今仍有最強棋士之稱的本因坊秀策身上，140年之後，再次遇到能看見自己的進藤光，帶領進藤光走進追求神乎其技的道路。
塔矢亮：塔矢名人的兒子，跟進藤光同年齡，在圍棋界，是天才棋士。亮是生長在有教養的家庭裏的優等生，心裏有着一股摯熱的圍棋鬥志，以專業的棋士爲期許，並邁向新的圍棋里程碑。
